Hrodpert néven született egy nemes frank családban a VII. század elején. Szent Rupertet (Hruodpert, Ruodbert, Ruprecht, Robert is - ófelnémet, jelentése: "dicsőségben tündöklő"), misszionáriusként küldte Bajorországba II.Theodó herceg a VII.század utolsó évtizedében. E missziós útjáig wormsi püspök volt.
Rupert a társaival együtt azon a helyen telepedett le, ahol a Fischbach beleömlik a Wallerseebe. 696-ban érkezett Salzburgba, és még ugyanabban az évben egy Szent Péternek szentelt kis templomot épített ott, amely később Szent Péter tavi temploma (Sankt Peter Seekirchen) néven vált ismertté. Theodó herceg később neki adományozta a régi római várost, Juvavumot határoló területet és a fölébe épített kastélyt. Juvavum áldozatul esett a népvándorlás kori viharoknak, omladékait gyom fedte, a római telepesek utódai szétszórtan laktak a vidéken. Rupert jelentősen előmozdította a mai város kezdeteinek kialakulását a római Juvavum romjain, ezért Szent Rupertet Salzburg város alapítójaként is emlegetik. A város peremén, a kastély lábánál egy nagyobb, hasonlóképpen Szent Péternek szentelt templomot emelt - a Szent Péter apátságot, ami Ausztria legrégebbi kolostora -, s ennek kolostora és iskolája csakhamar felvirágzott; hozzá tartoztak azok az értékes sóbányák, amelyek után az újjáéledő város a "Salzburg" nevet kapta.
Rupert a Szűzanyának szentelt női kolostort is alapított (ma Nonnenberg), és unokahúga, Eintrud vezetése alá rendelte.
Rupert püspök feltehetően 718. március 27-én halt meg Salzburgban. Emlékének kiemelt tisztelete azzal kezdődött, hogy földi maradványait 774. szeptember 24-én új sírba helyezték az újonnan megépült dómban.
Szent Rupertet a bányászok védőszentjének tekintik az egykori salzburgi befolyási övezetben (főképp Traunsteinben és Berchtesgadenben, a bajor Bad Reichenhallban és a Dürrnbergen) és ezért egy sóshordóval a kezében ábrázolják. Ő lett Salzburg tartomány patrónusa (szeptember 24. tartományi ünnep) is.